Luego de que la comisión externa de expertos recomendó la realización de un nuevo CENSO abreviado para 2015 , la fiscalía comenzó una investigación para determinar responsabilidades ante el fracaso de lo que antes de su realización fue catalogado por el gobierno como el mejor Censo de la historia.

Los cargos que se le imputan al ex Director del Instituto Nacional de Estadística incluyen una presunta violación al secreto estadístico y falsificación de instrumento público. De probarse el primero arriesga una pena de hasta veinte años, y por el delito de falsificación, una pena de hasta diez años tras las rejas. 

La defensa de Francisco Labbé se ampara en el informe elaborado por la comisión revisora del Censo 2012, donde se indica que la información digitalizada corresponde a la de las fichas originales, por lo que Jorge Martínez, abogado defensor, asegura que "no existió manipulación de datos ni clonación" por lo que el cargo de falsificación quedaría fuera de lugar.

A pesar de lo anterior, la fiscalía no descarta sumar nuevas imputaciones a quien dirigiera el INE hasta el pasado 26 de abril, quien renunció al cargo, entre otros, por los cuestionamientos que implican los problemas en el Censo para cifras como el IPC.